Το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο, χάρη στο ευρύ φάσμα επιστημονικών δράσεων που καλύπτει (12 Σχολές, 42 Τμήματα, 289 Εργαστήρια), έχει εκτεταμένη ερευνητική δραστηριότητα, μεγάλη συμμετοχή σε ευρωπαϊκά έργα, διεθνείς συνεργασίες και διακεκριμένους ερευνητές. Οι τομείς στους οποίους υλοποιούνται τα ερευνητικά έργα αφορούν κυρίως στο περιβάλλον (φυσικό και δομημένο), στην πληροφορική, στις νέες τεχνολογίες και στη νανοτεχνολογία, στις τηλεπικοινωνίες, στις βιομηχανικές τεχνολογίες, στις μεταφορές, στη βιοτεχνολογία, στη βιοϊατρική και υγεία, στη γεωργία, δασοπονία & αλιεία, στην εκπαίδευση και στη γλώσσα, στην ιστορία και αρχαιολογία, στις κοινωνικές και οικονομικές επιστήμες.
Η ερευνητική πολιτική του πανεπιστημίου στηρίζεται σε δύο κεντρικούς άξονες:
- την προώθηση της ποιότητας,
- την ενθάρρυνση της αριστείας.
Η πολιτική ποιότητας, που εφαρμόζεται μέσω της Επιτροπής Ερευνών, συνίσταται στην εφαρμογή βέλτιστων διαδικασιών ελέγχου και συγκεκριμένων συστημάτων πιστοποίησης, τα οποία εγγυώνται την παραγωγή επιστημονικής έρευνας υψηλής ποιότητας. H στρατηγική ποιότητας της Επιτροπής στα πλαίσια του Επιχειρησιακού της Προγράμματος, ξεκίνησε με την πιστοποίηση του «Ειδικού Λογαριασμού», το Νοέμβριο του 2002, με το Διεθνές Πρότυπο ISO 9001:2000. Η πολιτική αριστείας συνίσταται στην ενθάρρυνση της διάκρισης του ερευνητικού δυναμικού σε όλα τα πεδία επιστημονικής γνώσης. Η επιβράβευση των υψηλών ατομικών επιδόσεων, η δημιουργία νέων ερευνητικών ομάδων, η δημιουργία ευνοϊκού περιβάλλοντος για καινοτόμες δράσεις, αποτελούν τα κύρια συστατικά της πολιτικής αριστείας. Έτσι, ενώ η πολιτική ποιότητας φροντίζει την εσωτερική οργάνωση των ερευνητικών μονάδων του πανεπιστημίου, η πολιτική αριστείας τροφοδοτεί με κίνητρα το ανθρώπινο δυναμικό του.