Η Θεολογική Σχολή Θεσσαλονίκης λειτουργεί από το 1942, αν και η ίδρυσή της προβλεπόταν από την ίδρυση του Πανεπιστημίου, το 1925. Από το 1964 η Σχολή, τροποποιώντας τον κανονισμό λειτουργίας της, χώρισε τις προπτυχιακές σπουδές σε τρία Τμήματα. Απ’ αυτά το τρίτο, Κοινωνικής Διακονίας, δεν λειτούργησε αποδοτικά, επειδή δεν προσήλθε σ’ αυτό ικανοποιητικός αριθμός φοιτητών. Τα άλλα δύο Τμήματα, α) Θεολογίας και β) Ποιμαντικής, λειτούργησαν αποδοτικά για μία περίπου εικοσαετία, έχοντας ενιαία διοίκηση, τον κοινό σύλλογο των καθηγητών της Σχολής.

Με το νόμο για τα Α.Ε.Ι. 1268/82 επιβλήθηκε και η διοικητική διάκριση μεταξύ των δύο Τμημάτων της Σχολής, τα οποία από το 1982 λειτουργούν αυτόνομα και το καθένα διοικείται από τη Γενική του Συνέλευση. Η στελέχωση των Τμημάτων έγινε από το προσωπικό που υπηρετούσε μέχρι τότε στη Σχολή. Με το Π. Δ. 316 (Φ.Ε.Κ. 166/6.10.94) το Τμήμα Ποιμαντικής μετονομάστηκε σε «Τμήμα Ποιμαντικής και Κοινωνικής Θεολογίας», χωρίς να αλλάξει το γνωστικό του αντικείμενο.

Σύμφωνα με το νόμο 1351/1983, άρθρο 6, παρ. 10, «οι πτυχιούχοι των Τμημάτων Ποιμαντικής των Πανεπιστημίων Αθηνών και Θεσσαλονίκης έχουν δικαίωμα διορισμού στην Εκκλησιαστική, Γενική και Τεχνική-Επαγγελματική Εκπαίδευση».

Στη Θεολογική Σχολή λειτουργεί Βιβλιοθήκη, η οποία προέκυψε από την ενοποίηση των επιμέρους βιβλιοθηκών των παλιών Σπουδαστηρίων της Σχολής, που ήταν κατεσπαρμένες σ’ όλο το κτήριο. Η Βιβλιοθήκη είναι πλούσια και οργανωμένη, και διαθέτει αναγνωστήριο. Η διοίκησή της ασκείται από την Κοσμητεία της Σχολής.

Η Θεολογική Σχολή εκδίδει επιστημονικό περιοδικό με τίτλο «Επιστημονική Επετηρίδα Θεολογικής Σχολής Ᾱ.Π.Θ.», το οποίο κατ’ αρχήν αποτελούσε έναν ενιαίο τόμο, που περιελάμβανε συνεργασίες μελών Δ.Ε.Π. όλης της Θεολογικής Σχολής. Από το 1990 η Επετηρίδα εκδίδεται σε δύο ανεξάρτητα τεύχη, ένα από κάθε Τμήμα της Σχολής.

Επί πλέον, η Θεολογική Σχολή μετέχει στο Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών, το οποίο υπάγεται στη Φιλοσοφική Σχολή του Α.Π.Θ. Το Κ.Β.Ε. αποτελείται από πέντε Τμήματα (Μεσαιωνικής Ελληνικής Φιλολογίας, Βυζαντινής Ιστορίας, Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Τέχνης, Βυζαντινής Θεολογίας, Βυζαντινού Δικαίου) και διοικείται από πενταμελές διοικητικό συμβούλιο, στο οποίο η Θεολογική Σχολή εκπροσωπείται από ένα μέλος.