Στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης λειτουργούν τα ακόλουθα σημαντικά Μουσεία, Αρχεία και Συλλογές που περιλαμβάνουν σπάνια εκθέματα και εξυπηρετούν εκπαιδευτικές και ερευνητικές ανάγκες, ενώ αρκετά από αυτά είναι ανοιχτά και στο κοινό:
- Μουσείο Εκμαγείων
- Ιστορικό Αρχείο του Πανεπιστημίου
- Λαογραφικό Μουσείο
- Αρχείο Νεολληνικής Λογοτεχνίας
- Συλλογή Ελληνικών Χειρογράφων
- Παλαίτυπα Βιβλία της Θεολογικής Σχολής
- Βιβλικό Μουσείο
- Συλλογή Χαρτών του Χώρου της Πανεπιστημιούπολης
- Συλλογή Προσωπογραφιών Καθηγητών του Α.Π.Θ.
- Μουσείο Γεωλογίας-Παλαιοντολογίας
- Μουσείο Ζωολογίας
- Μουσείο Άγριας Πανίδας
- Βοτανικό Μουσείο
- Αρχείο Ιστορίας του Θεάτρου
- Εγκληματολογικό Μουσείο
- Αρχείο της Παιδαγωγικής Ακαδημίας