Το εγκληματολογικό μουσείο του Εργαστηρίου Ιατροδικαστικής και Τοξικολογίας του Α.Π.Θ. άρχισε να συγκροτείται το 1944, με την έναρξη της λειτουργίας του εργαστηρίου. Οφείλει τη δημιουργία του στις προσπάθειες του πρώτου συλλέκτη των πειστηρίων, καθηγητή Ηλιακή (1944 - 1954), ο οποίος συγκέντρωσε και καταχώρησε εκθέματα, θέτοντας έτσι τις βάσεις για τη δημιουργία του μουσείου.

Για τη δημιουργία και ανάπτυξη του εγκληματολογικού μουσείου συνέβαλαν και άλλοι καθηγητές, που διετέλεσαν διευθυντές του εργαστηρίου, η πλειονότητα των οποίων ήταν ιατροδικαστές. To 1990 ο αείμνηστος αναπληρωτής καθηγητής της ιατροδικαστικής Παναγιώτης Επιβατιανός διαπνεόμενος από την ίδια αγάπη για το μουσείο με τους προκατόχους του, διαμόρφωσε χώρο στο υπόγειο του Εργαστηρίου της Ιατροδικαστικής δίπλα από το νεκροτομείο, όπου και μεταφέρθηκαν όλα τα εκθέματα, τα οποία είχαν φυλαχτεί προχείρως.

Το μουσείο παρέμεινε στο χώρο αυτό μέχρι το 2004. Το ίδιο έτος ανακαινίστηκε το ισόγειο του εργαστηρίου, δηλαδή το νεκροτομείο, το μουσείο, οι αποθήκες, το εμφανιστήριο και η αίθουσα αναμονής. Ο παλαιός χώρος του μουσείου θα λειτουργήσει ως Εργαστήριο Ιατροδικαστικής ανάλυσης DNA και το μουσείο θα μεταφερθεί στο β΄ όροφο.

Σήμερα τα εκθέματα του μουσείου βρίσκονται σε διάφορους χώρους του εργαστηρίου, μέχρι να ετοιμαστεί ο χώρος που θα τα φιλοξενήσει.

Tο υλικό του μουσείου προέρχεται από το καθημερινό έργο των ιατροδικαστών, των τοξικολόγων και των διωκτικών αρχών. Ο σκοπός του μουσείου είναι η εκπαίδευση των φοιτητών.