Στις εγκαταστάσεις του Τομέα Ζωολογίας, στον 6ο όροφο του κτιρίου όπου στεγάζεται το Τμήμα Βιολογίας, υπάρχει μουσειακός χώρος που φιλοξενεί συλλογές ταριχευμένων ζώων από διάφορες τροπικές και εύκρατες περιοχές του πλανήτη.

Αρχή της δημιουργίας τους αποτέλεσε μια συλλογή ταριχευμένων ζώων που αγοράσθηκε στις αρχές της δεκαετίας του 1930 από τον τότε καθηγητή του Εργαστηρίου Ζωολογίας Γ. Αθανασόπουλο. Η συλλογή αυτή ανήκε στον ρωσικής καταγωγής μετανάστη Poduskin, ο οποίος ήταν ειδικευμένος ταριχευτής. Μάλιστα, ο Poduskin είχε αναλάβει την ταρίχευση και πολλών άλλων ζώων του ελλαδικού χώρου για λογαριασμό του Εργαστηρίου Ζωολογίας. Έκτοτε, οι συλλογές του μουσείου εμπλουτίσθηκαν από άλλα δείγματα που είτε συνέλεξε και συντήρησε το προσωπικό του Εργαστηρίου είτε αγοράσθηκαν.

Σήμερα, τα δείγματα που φιλοξενούνται στο μουσείο ανέρχονται σε 407. Από αυτά τα 42 ανήκουν σε διάφορα είδη θηλαστικών και τα υπόλοιπα 365 σε διάφορα είδη πτηνών.

 
Ανεκτίμητη συλλογή
Εκτός από τις συλλογές των ταριχευμένων ζώων, το Εργαστήριο Ζωολογίας διαθέτει μια ανεκτίμητη συλλογή νωπού ζωολογικού υλικού που συλλέχθηκε στο πλαίσιο των ερευνητικών δραστηριοτήτων των μελών του. Οι συλλογές αυτές χρονολογούνται από την εποχή του καθηγητή Γ. Αθανασόπουλου, αλλά το μεγαλύτερο τμήμα τους συγκεντρώθηκε τα τελευταία 40 χρόνια. Στις συλλογές αυτές περιλαμβάνονται δείγματα ασπόνδυλων (σπόγγοι, κοράλλια, δακτυλιοσκώληκες, καρκινοειδή, κ.ά.) και σπονδυλωτών, κυρίως ψαριών. Μεγάλο μέρος του υλικού αυτού έχει προσδιορισθεί και ταξινομηθεί. Μεταξύ των δειγμάτων που έχουν προσδιορισθεί, πολλά αντιστοιχούν σε σπάνια είδη, ενώ ορισμένα σε νέα για την επιστήμη είδη.

Όσον αφορά τα ταριχευμένα ζώα, μεγάλο μέρος της συλλογής εκτίθεται στο διάδρομο του Εργαστηρίου Ζωολογίας. Είναι προσβάσιμη στο κοινό και την έχουν επισκεφθεί μαθητές από πολλά σχολεία της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Το υπόλοιπο μέρος της συλλογής φυλάσσεται σε ειδικές προθήκες, σε αίθουσα που επί του παρόντος είναι κλειστή για το κοινό.

Όσον αφορά τις συλλογές νωπού υλικού, είναι διαθέσιμες για ερευνητικούς σκοπούς σε ειδικούς επιστήμονες από την Ελλάδα και το εξωτερικό. ∆υστυχώς, λόγω έλλειψης πόρων, δεν υπάρχει η απαραίτητη μουσειακή υποδομή και γι’ αυτό οι συλλογές αυτές δεν είναι ανοιχτές στο ευρύ κοινό.