Το Τμήμα Διοίκησης έχει τις εξής αρμοδιότητες:

• Διαχείριση συστήματος έκδοσης και παράδοσης Ακαδημαϊκών Ταυτοτήτων του προσωπικού ΑΠΘ.
• Έκδοση Διαπιστωτικών Πρυτανικών Πράξεων εκλογής, ορισμού/τοποθέτησης, αναπλήρωσης, παραίτησης, παράτασης θητείας κλπ. των Προέδρων/Αντιπροέδρων Τμημάτων και Διευθυντών Εργαστηρίων, Κλινικών και Μουσείων.
• Σύνταξη ετήσιου και μηνιαίων καταλόγων υπόχρεων Δήλωσης Περιουσιακής Κατάστασης ΑΠΘ και ηλεκτρονική καταχώριση τους στο πληροφοριακό σύστημα «ΠΟΘΕΝ».
• Διαβίβαση δειγμάτων υπογραφών Πρύτανη, Αντιπρυτάνεων, Κοσμητόρων Σχολών, Προέδρων/Αναπληρωτών Προέδρων  Τμημάτων και Προϊσταμένων των υπηρεσιακών μονάδων του ΑΠΘ στις αρμόδιες υπηρεσίες.
• Παρακολούθηση τήρησης ωραρίου των Ιατρών Εργασίας του ΑΠΘ.
• Γραμματειακή υποστήριξη της Πρωτοβάθμιας Υγειονομικής Επιτροπής του ΑΠΘ.
• Συγκέντρωση στοιχείων και διαβίβαση των αποτελεσμάτων του δειγματοληπτικού ελέγχου μη επικυρωμένων αντιγράφων εγγράφων, ο οποίος διενεργείται από τις υπηρεσιακές μονάδες του ΑΠΘ, στην αρμόδια υπηρεσία.
• Τήρηση καταλόγων/μητρώων Κοσμητόρων Σχολών, Προέδρων και Αντιπροέδρων Τμημάτων και Διευθυντών Τομέων.
• Τήρηση καταλόγου Εργαστηρίων, Μουσείων και Κλινικών του ΑΠΘ, καθώς και καταλόγου Διευθυντών των εν λόγω Εργαστηρίων, Μουσείων, Κλινικών.
• Κοινοποίηση στα μέλη της πανεπιστημιακής κοινότητας προκηρύξεων, ανακοινώσεων και προσκλήσεων εκδήλωσης ενδιαφέροντος (ημεδαπής ή αλλοδαπής) από φορείς εκτός ΑΠΘ, καθώς και ενημερωτικών εγκυκλίων φορέων του στενού και ευρύτερου δημόσιου τομέα γενικού ενδιαφέροντος.
• Διεκπεραίωση θεμάτων που αφορούν στη διενέργεια αποσπάσεων εκπαιδευτικών Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης, καθώς και μελών ΕΕΠ και ΕΒΠ στα Τμήματα του ΑΠΘ.
•  Σύνταξη καταλόγων για ορισμό πραγματογνωμόνων και διερμηνέων δικαστηρίων.