Η Γραμματεία ανήκει στη Νομική Υπηρεσία του ΑΠΘ, υπάγεται απευθείας στον Πρύτανη και είναι αρμόδια για τη γραμματειακή, διοικητική, επικοινωνιακή και κάθε άλλης μορφής υλικοτεχνική υποστήριξη της Νομικής Υπηρεσίας του ΑΠΘ και του Γραφείου ΝΣΚ στο ΑΠΘ [άρθρο 46 ν. 5000/2022 (ΦΕΚ Α’ 226) και απόφαση με αρ. συνεδρίασης 21/11.7.2024 του Συμβουλίου Διοίκησης του Πανεπιστημίου (ΦΕΚ Β’ 4372/25.7.2024)].

Ειδικότερα, στην αρμοδιότητα της Γραμματείας υπάγονται ιδίως:
1) Η διεξαγωγή της αλληλογραφίας που απευθύνεται προς το Γραφείο του ΝΣΚ στο ΑΠΘ και προς τη Νομική Υπηρεσία του Πανεπιστημίου, με πρωτοκόλληση κάθε είδους εγγράφου, δικογράφου ή αποφάσεως, καθώς και η αποστολή των εξερχομένων εγγράφων προς τους αποδέκτες τους.
2) Η δημιουργία και τήρηση πλήρους φυσικού και ηλεκτρονικού αρχείου για κάθε υπόθεση που εισέρχεται στη Νομική Υπηρεσία και στο Γραφείο ΝΣΚ στο ΑΠΘ (ερωτήματα, δικαστικές ή εξώδικες υποθέσεις).
3) Ο χειρισμός του ΟΠΣ του ΝΣΚ και της εφαρμογής «Πάπυρος» του ΑΠΘ, καθώς και η χρησιμοποίηση των διαδικτυακών υπηρεσιών διαλειτουργικότητας ή διεπαφής με τρίτους φορείς.
4) Η καθημερινή ενημέρωση του Προϊσταμένου του Γραφείου ΝΣΚ στο ΑΠΘ, ο οποίος ασκεί τη γενική εποπτεία και το συντονισμό της Νομικής Υπηρεσίας του ΑΠΘ, και η διεκπεραίωση της διαδικασίας ανάθεσης των υποθέσεων στους λειτουργούς του ΝΣΚ, στους δικηγόρους του ΑΠΘ ή σε εξωτερικούς συνεργάτες.
5) Η ενημέρωση των αρμοδίων οργάνων, ακαδημαϊκών μονάδων και διοικητικών υπηρεσιών του ΑΠΘ επί των εντολών χειρισμού υποθέσεων (δικαστικών και εξωδίκων), τόσο για την έγκαιρη παροχή των απόψεων και του φακέλου με τα στοιχεία της υπόθεσης προς το Γραφείο του ΝΣΚ, τους λειτουργούς του ΝΣΚ και τους Δικηγόρους του ΑΠΘ, όσο και για την απευθείας αποστολή τους προς το αρμόδιο δικαστήριο ή σε άλλη αρχή, εφόσον απαιτείται.