Η Σχολή Επιστημών Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού είναι νεοϊδρυθείσα Σχολή (ΠΔ 98/2013, ΦΕΚ 134/5-6-2013 τ. Α ́) και αποτελείται από δύο Τμήματα: το Τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού (ΤΕΦΑΑ) με έδρα τη Θεσσαλονίκη και το ΤΕΦΑΑ με έδρα τις Σέρρες. Η ίδρυση της Σχολής αποτελεί, μετά την ένταξη των ΕΑΣΑ στην τριτοβάθμια εκπαίδευση το 1982, τον σημαντικότερο σταθμό στον χώρο της επιστήμης της φυσικής αγωγής και του αθλητισμού στο ΑΠΘ. Αυτή η θεσμική αναβάθμιση θα δώσει μεγαλύτερη ώθηση στην προαγωγή των αθλητικών επιστημών, της έρευνας και της διδασκαλίας και θα διασφαλίσει μια συνεχή, σταθερή και δημιουργική παρουσία των ΤΕΦΑΑ στην πανεπιστημιακή κοινότητα και την κοινωνία. Το 1982 ιδρύθηκαν τα ΤΕΦΑΑ στα Πανεπιστήμια Αθηνών και Θεσσαλονίκης, στα οποία εντάχθηκαν η ΕΑΣΑ της Αθήνας και το παράρτημά της στη Θεσσαλονίκη, και άρχισαν να λειτουργούν από το ακαδημαϊκό έτος 1983-84. Το 1985 ιδρύθηκε παράρτημα του ΤΕΦΑΑ του ΑΠΘ στις Σέρρες, το οποίο έγινε ανεξάρτητο Τμήμα τον Απρίλιο του 2005.Αποστολή των ΤΕΦΑΑ είναι:

• Να καλλιεργούν και να προάγουν την επιστήμη της φυσικής αγωγής και του αθλητισμού με την ακαδημαϊκή και την εφαρμοσμένη διδασκαλία και έρευνα.
• Να παρέχουν στους πτυχιούχους τα απαραίτητα εφόδια που θα τους εξασφαλίσουν άρτια κατάρτιση για την επιστημονική και επαγγελματική τους σταδιοδρομία.
• Να συμβάλλουν στην πρόοδο του ελληνικού αθλητισμού και ταυτόχρονα να καλλιεργούν και να διαδίδουν την αθλητική ιδέα.
• Να συμβάλλουν στη συνειδητοποίηση από τους πολίτες της σημασίας της φυσικής αγωγής ως βασικού παράγοντα για τη βελτίωση της ποιότητας ζωής.

Η λειτουργία των δύο ΤΕΦΑΑ του ΑΠΘ έχει συμβάλει καθοριστικά στην ποιοτική αναβάθμιση των σπουδών, καθώς και στην προαγωγή της αθλητικής επιστήμης, της έρευνας και της διδασκαλίας. Από την έναρξη της λειτουργίας τους έχουν αποφοιτήσει 13.418 πτυχιούχοι και από τα μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών 396 μεταπτυχιακοί και 113 διδάκτορες. Σήμερα φοιτούν περίπου 4.300 προπτυχιακοί φοιτητές και 397 μεταπτυχιακοί (283 στον μεταπτυχιακό κύκλο και 114 στον διδακτορικό).Τα Τμήματα στεγάζονται στις νέες εγκαταστάσεις του ΑΠΘ στη Θέρμη Θεσσαλονίκης και στον Αγ. Ιωάννη Σερρών. Η διοίκηση της Σχολής εδρεύει στον 1ο όροφο του νέου (γυάλινου) κτηρίου στις εγκαταστάσεις της Θέρμης.