Η δημιουργία του Βιβλικού Μουσείου της Θεολογικής Σχολής είναι η υλοποίηση ενός παλιού ονείρου του αείμνηστου ομότιμου καθηγητή Δαμιανού Δόϊκου.
 
Μετά από αγώνες και προσπάθειες πολλών χρόνων, το Σεπτέμβριο του 1986, η Σύγκλητος του Α.Π.Θ. ενέκρινε το σχετικό πρόγραμμα. Η αλληλογραφία με τα μουσεία της Ευρώπης και η μάχη με τα γραφειοκρατικά εμπόδια μόλις είχε αρχίσει. Τα πρώτα ομοιώματα έφθασαν από το μουσείο του Λούβρου μετά δύο χρόνια (1988). Λίγο αργότερα ακολούθησε το Αρχαιολογικό Μουσείο Θεσσαλονίκης και, τέλος, το Βρετανικό Μουσείο (1990). Αν και εξακολουθεί να παρουσιάζει ελλείψεις, ο χώρος του μουσείου αποτελεί ένα πραγματικό κόσμημα για τη Θεολογική Σχολή, αλλά και για το Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, γενικότερα.
 
Σήμερα, ο επισκέπτης του μουσείου, που βρίσκεται στο κέντρο περίπου του 3ου ορόφου της Θεολογικής Σχολής, διαπιστώνει με έκπληξη πως τα περισσότερα από τα εκθέματα δεν έχουν άμεση σχέση με τη Βίβλο. Αυτό συμβαίνει επειδή ο βασικός σκοπός του μουσείου δεν είναι η στήριξη της βιβλικής αλήθειας, δεν είναι δηλαδή απολογητικός, αλλά η παρουσίαση μιας κατά το δυνατόν ολοκληρωμένης εικόνας του ευρύτερου ιστορικού, γεωγραφικού και πολιτιστικού περιβάλλοντος της εγγύς Ανατολής, μέσα στο οποίο γεννήθηκε η Βίβλος.
 
Από τα μέσα του 19ου αιώνα και μετά οι μεγάλες αρχαιολογικές ανασκαφές έφεραν στο φως τους ξεχασμένους για αιώνες πολιτισμούς της περιοχής. Ως αποτέλεσμα, η Βίβλος δεν θεωρείται πια το «αρχαιότερο» βιβλίο της ανθρωπότητας, αλλά είναι ενταγμένη μέσα σ’ ένα ευρύτερο ρεύμα παραδόσεων των λαών της Ανατολής. Επειδή οι γλώσσες της περιοχής είναι κατά το πλείστον άγνωστες σήμερα και για την κατανόηση των κειμένων απαιτούνται μακρόχρονες και εξειδικευμένες σπουδές, προτιμήθηκαν κυρίως εικονογραφικές παραστάσεις, που δίνουν στον επισκέπτη τη δυνατότητα να αντιληφθεί τη μορφή των αντικειμένων που περιγράφονται στα κείμενα και, πολύ περισσότερο, να δει τον κόσμο με τα μάτια των ανθρώπων εκείνης της εποχής και έτσι να κατανοήσει καλύτερα και τα ίδια τα κείμενα.