Κάθε Α.Ε.Ι. είναι υποχρεωμένο να καταρτίσει τον εσωτερικό κανονισμό λειτουργίας του, ο οποίος πρέπει να περιέχει κατ΄ ελάχιστο περιεχόμενο τις αναφερόμενες παρακάτω ρυθμίσεις. Ο εσωτερικός κανονισμός ρυθμίζει ειδικότερα θέματα διοικητικής λειτουργίας, οργανωτικής δομής, ελέγχου της τήρησης των θεσπισμένων κανόνων, καθώς και τις κυρώσεις σε περίπτωση πλημμελούς εφαρμογής ή παραβίασής τους. Ο εσωτερικός κανονισμός, εκτός των επί μέρους θεμάτων, ρυθμίζει οπωσδήποτε και τα ακόλουθα:

1. Την οργάνωση της ακαδημαϊκής, διοικητικής και οικονομικής λειτουργίας του Α.Ε.Ι.
2. Τους κανόνες λειτουργίας των συμβουλίων και των επιτροπών του Α.Ε.Ι.
3. Την εκλογή των μελών Δ.Ε.Π.
4. Τα καθήκοντα, τα δικαιώματα και τις υποχρεώσεις των μελών της πανεπιστημιακής κοινότητας.
5. Τα καθήκοντα, τις υποχρεώσεις και τα δικαιώματα των φοιτητών.
6. Τη διαδικασία και τις αρμοδιότητες των οργάνων ελέγχου για την τήρηση των θεσπισμένων κανόνων.
7. Τον κανονισμό προπτυχιακών και μεταπτυχιακών σπουδών.
8. Τη μετεκπαίδευση και την επιμόρφωση του κάθε είδους προσωπικού του Α.Ε.Ι.
9. Τη διαδικασία χορήγησης κοινωνικών παροχών προς τους φοιτητές.
10. Την απονομή τιμητικών ακαδημαϊκών τίτλων.
11. Τους κανόνες εθιμοτυπίας τελετουργικού χαρακτήρα και δημοσίων σχέσεων.

Ο Εσωτερικός Κανονισμός Λειτουργίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης που ισχύει σήμερα καταρτίστηκε από την Σύγλητο του Ιδρύματος στην αριθ. 2718/5-7-2000 συνεδρίασή της και εγκρίθηκε από τον Υπουργό Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων με την αριθ. Φ.1.231/Β1/425/25-8-2000 Υπουργική Απόφαση, όπως δημοσιεύτηκε στο Φ.Ε.Κ. 1099/5-9-2000 τεύχος Β’.

Σήμερα εφαρμόζεται όπως τροποποιήθηκε με την Υπουργική Απόφαση 129201/Β1 στο Φ.Ε.Κ. 1562/13-12-2002 τεύχος Β’ και την Υπουργική Απόφαση 60210/Β1 στο Φ.Ε.Κ. 1517/11-10-2004 τεύχος Β’.