Το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης περιλαμβάνει τα ακόλουθα ερευνητικά κέντρα:

• Διεπιστημονικό Κέντρο Αριστοτελικών Μελετών
• Διεπιστημονικό Κέντρο Αρχαιολογικών Μελετών «Μανόλης Ανδρόνικος»
• Ινστιτούτο Νεοελληνικών Σπουδών [Ίδρυμα Μανόλη Τριανταφυλλίδη]
• Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών
• Κέντρο Ολοκληρωμένης Διαχείρισης Υδάτων
• Κέντρο Ψηφιακής Γεωγραφικής Εκπαίδευσης
• Κέντρο Πολυπλοκότητας
• Κέντρο Διάδοσης της Επιστήμης των Εντόμων για τους Φοιτητές και την Κοινωνία (ΚΕ.Δ.Ε.Ε.)