Το Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών ιδρύθηκε το 1966 με πρωτοβουλία καθηγητών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Σκοπός του είναι η έρευνα της Μεσαιωνικής Ελληνικής Φιλολογίας, της Βυζαντινής Ιστορίας, της Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Τέχνης, του Βυζαντινού Δικαίου και γενικά του Βυζαντινού Πολιτισμού, καθώς και η εξειδίκευση πτυχιούχων και η κατάρτιση ειδικών ερευνητών των Βυζαντινολογικών κλάδων.
 
Σύμφωνα με το ιδρυτικό διάταγμα το Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών πραγματοποιεί τους σκοπούς του με την οργάνωση ερευνητικών προγραμμάτων, με τη δημοσίευση των πορισμάτων των ερευνών, με τη συνεργασία με άλλα επιστημονικά ιδρύματα του εσωτερικού και του εξωτερικού, με επιστημονικές συναντήσεις και συνέδρια, με την οργάνωση βιβλιοθήκης, που εξυπηρετεί τους ειδικούς ερευνητικούς σκοπούς του Κέντρου και με την έκδοση ειδικού περιοδικού οργάνου (ΒΥΖΑΝΤΙΝΑ).
 
Το Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών διοικείται από πενταμελές Διοικητικό Συμβούλιο. Στο Κέντρο Βυζαντινών Ερευνών λειτουργούν πέντε Τμήματα.
Από το 1998 στεγάζεται στο νεοκλασικό κτίριο “Μέλισσα” στην οδό Βασ. Όλγας.