Οι πανεπιστημιακές κλινικές του Τμήματος Ιατρικής στεγάζονται στα νοσοκομεία ΑΧΕΠΑ, Ιπποκράτειο, Παπανικολάου, Παπαγεωργίου, Γ. Γεννηματά και στο Νοσοκομείο Δερματικών και Αφροδισίων Νόσων.
Οι κλινικές της Οδοντιατρικής Σχολής στεγάζονται στο 7όροφο κτίριο της Σχολής (κεντρική είσοδος από την οδό Αγ. Δημητρίου). Στο πλαίσιο της προπτυχιακής και μεταπτυχιακής εκπαίδευσης των φοιτητών της Σχολής, παρέχεται περίθαλψη στους πολίτες που καλύπτει όλο το φάσμα της οδοντιατρικής επιστήμης, σε χαμηλό κόστος.
Oι κλινικές της Kτηνιατρικής Σχολής για την εκπαίδευση των φοιτητών και την περίθαλψη άρρωστων ζώων. Στεγάζονται σε ένα χώρο πανεπιστημιακής ιδιοκτησίας 16 περίπου στρεμμάτων προς τη δυτική είσοδο της πόλης, στην οδό Γιαννιτσών, ανάμεσα στον Παλαιό και στο Nέο Σιδηροδρομικό Σταθμό.
O σταθμός εκτροφής και περίθαλψης ζώων βρίσκεται στο Kολχικό της επαρχίας Λαγκαδά, σε απόσταση 27 km περίπου από τη Θεσσαλονίκη και ανήκει στην Kτηνιατρική Σχολή. Σε έκταση 2.000 στρεμμάτων που δωρήθηκαν στο A.Π.Θ. από την Kοινότητα Kολχικού δημιουργήθηκαν εγκαταστάσεις που χρησιμοποιούνται για την εκπαιδευτική και ερευνητική δραστηριότητα της Kτηνιατρικής Σχολής.
